E.Ü. İzmir Atatürk Sağlık Yüksekokulu, Yükseköğretim Kurulu ve Sağlık Bakanlığı arasında 1992 yılında imzalanan protokol ve 1995 yılındaki Yüksek Sağlık Şurası Kararlarının uygulanması sonucu 2809 Sayılı Kanunun 30. maddesine göre 10.10.1996 tarih ve 96/8655 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile olarak kurulmuştur.

Daha sonra 15 Nisan 2011 tarihli 27905 sayılı Resmi Gazete ilanı Bakanlar Kurulu kararı ile fakülte olmaya hak kazanmıştır. 

Sağlık Bilimleri Fakültesi 2015 yılında İzmir Atatürk Sağlık Yüksekokulu’nda bulunan Ebelik ve Beslenme ve Diyetetik programlarının bünyesine aktarılması ile iki bölüm olarak faaliyete geçmiştir.

Sağlık Bilimleri Fakültesi bünyesinde Fizyoterapi ve Rehabilitasyon bölümü 2017 yılında kurulmuş olup, bölüme 2020-2021 öğretim yılında ilk kez lisans ve lisansüstü öğrenci alımı yapılmıştır. 04.03.2020 ve 11.03.2020 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu toplantısında ve 2547 Sayılı Kanun'un 2880 Sayılı Kanun'la değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Odyoloji bölümü kurulması 2020 yılında kabul edilmiş olup 2022-2023 öğretim yılında öğrenci kabul edilecek şekilde planlama yapılmıştır.